Enamasti toob ühisettevõtte loomine, nagu iga uue ettevõtte turuletulek, tarbijale kasu ja soodustab konkurentsi – kindlasti tuleb aga tähele panna olukordi, kus ühisettevõte võib tekitada konkurentsiõiguslikke probleeme.
Ühe ohuallikana nähakse emaettevõtete vahelisi suhteid. Oluline on teada, et erinevalt kahe ettevõtte täielikust ühinemisest, jäävad ühisettevõtte loonud emaettevõtted majanduslikult iseseisvateks. Majanduslikult iseseisvaks jäämine tähendab, et emaettevõtetel tekib võimalus lisaks ühisettevõttega seotud teemade arutamisele hõlpsalt omavahel ka muud äriliselt tundlikku teavet vahetada ja tegevust kooskõlastada. Näiteks turul ühesugune hinnatase kujundada või omavahel turge jagada.
Eelneva (emaettevõtete vaheline koostöö, mis väljub ühisettevõtet puudutavast teemaderingist) tagajärjeks võivad olla emaettevõtete või emaettevõtete ja ühisettevõtte vahelise konkurentsi vähenemine ning emaettevõtete ja ühisettevõtte ühise turuosa suurenemise tõttu turu sulgemine olemasolevale või potentsiaalsele konkurentsile. Lihtsamalt öeldes võib tagajärjeks olla keelatud kokkulepete regulatsioonist lähtuvalt konkurentsiseaduse rikkumine.
Selleks, et kooskõlastatud tegevust ära hoida, on soovitatav emaettevõtete ja ühisettevõtte vahel infovahetuskeeld kehtestada. Oluline on, et infovahetuskeeld hõlmaks strateegilise teabe vahetust – st eelkõige müügihindu ja -koguseid käsitlev teave, millele järgneb kulusid ja nõudlust käsitlev teave. Reeglina on lubatud vahetada teavet, mis on ajalooline (rohkem kui ühe aasta vanune) ja üldistatud (selle põhjal on piisavalt keeruline tuvastada konkreetse ettevõtte kohta käivaid andmeid).
Lisaks infovahetuskeelule peaksid emaettevõtted ja ühisettevõte järgima, et igaüks neist teeks strateegilisi otsuseid iseseisvalt. Strateegilised otsused hõlmavad üldjuhul eelarvet, äriplaane, suuremaid investeeringuid ja juhtkonna ametisse määramist. Kusjuures on soovitatav, et nii emaettevõtete kui ühisettevõtte juhtkondades oleksid erinevad isikud.
Hea on meeles pidada, et konkurentsireeglite järgimise tõendamiseks võiks äriliselt tundliku teabe vahetus olla dokumenteeritud. Nii saab hiljem tõendada, miks on omavahel delikaatset teavet vahetatud. Ka emaettevõtete ja ühisettevõtte töötajaid tuleks teavitada ohtudest, mis on seotud äriliselt tundliku teabe vahetusega.
Alati ei pruugi koostöö tegemine olla lubatud või sõltub see teatud eeldustest. Näiteks on konkurentidel lubatud ühiselt tegeleda teadus- või arendustegevusega, samuti sõlmida spetsialiseerumiskokkuleppeid (näiteks kaupu ühiselt toota), kuid tuleb järgida, et osapoolte turuosad asjaomastel turgudel jääksid alla teatud piirmäära.
Teadus- ja arendustegevuse puhul on piirangud konkurentidevahelisel koostööl – nende ühine turuosa ei tohi olla suurem kui 25% kaubaturust. Spetsialiseerumiskokkulepete puhul ei tohi poolte ühine turuosa olla suurem kui 20% kaubaturust.
Keelatud on igasugune tegevus, mis on kooskõlastatud eesmärgiga kahjustada konkurentsi, või mille tagajärjeks on konkurentsi kahjustumine. Sellise teo eest on juriidilisele isikule ette nähtud trahv kuni 10% käibest, juriidilise isiku nimel tegutsevale füüsilisele isikule rahaline karistus 1.5 aasta palga ulatuses või kuni 3-aastane vangistus.