Kinnisasja sisendkäibemaksu korrigeerimist reguleerivad käibemaksuseaduse (edaspidi KMS) § 32 ning Rahandusministri 30.03.2004 määrus nr 39.

KMS § 31 lg 4 kohaselt lähtutakse põhivara ning selle tarbeks soetatud kauba ja saadud teenuse sisendkäibemaksu mahaarvamisel nende maksustatava käibe tarbeks kasutamise prognoositavast osatähtsusest. Sisendkäibemaksu korrigeeritakse vastavalt põhivara ning põhivara tarbeks soetatud kauba ja saadud teenuse tegelikule maksustatava käibe tarbeks kasutamise osatähtsusele sisendkäibemaksu korrigeerimise perioodi jooksul.

Kinnisasja sisendkäibemaksu korrigeerimisel tuleb arvestada järgnevaga:

• Sisendkäibemaksu korrigeeritakse ainult nende põhivara tarbeks soetatud kaupade ja saadud teenuste puhul, mis suurendavad põhivara raamatupidamislikku väärtust.
• Sisendkäibemaksu korrigeerimise periood on kinnisasja ja sellega seotud kauba ja teenuse puhul kümme kalendriaastat. Esimeseks kalendriaastaks loetakse ajavahemik päevast, millal põhivara või põhivara tarbeks soetatud kaup või saadud teenus võetakse kasutuses oleva põhivarana raamatupidamises arvele, kuni jooksva kalendriaasta lõpuni.
• Korrigeerimine toimub iga kalendriaasta lõpul, lähtudes maksustatava käibe tarbeks põhivara kasutamise tegelikust osatähtsusest sellel kalendriaastal, välja arvatud kinnisasja võõrandamisel (vt järgnevat punkti). Võõrandades kinnisasja, mida on ettevõtluses kasutatud vähem kui kümne kalendriaasta jooksul, korrigeeritakse sisendkäibemaksu võõrandamise kuul.
• Korrigeerimist ei tehta, kui kinnisasja maksustatava käibe tarbeks kasutamise tegelik osatähtsus kalendriaastal ei erine selle kinnisasja maksustatava käibe tarbeks kasutamise prognoositud osatähtsusest kinnisasja soetamise aastal.

Kui maksukohustuslane on kinnisasja ning selle tarbeks soetatud kauba või saadud teenuse sisendkäibemaksu kas osaliselt või täielikult maha arvanud ning võõrandab kinnisasja maksuvabalt enne kümne kalendriaasta täitumist selle soetamise päevast, arvestatakse sisendkäibemaksu korrigeerimisel kinnisasja ning selle tarbeks soetatud kauba või saadud teenuse kasutamist järelejäänud perioodil, sh ka kinnisasja võõrandamise aastal, täielikult maksuvaba käibe tarbeks kasutamisena. 

Näide. Kinnisasja soetamisel arvati sisendkäibemaksust maha 100%, kokku 20 000 eurot. Kinnisasja kasutati maksustatava käibe tarbeks, kuid 7ndal aastal otsustati see maksuvabalt võõrandada. Seega tuleb maksumaksjal 4 aasta (korrigeerimisperioodist puudu jäänud 3 aastat ning võõrandamise aasta) eest sisendkäibemaks riigile tagasi maksta, s.o 8000 eurot.

Näide. Kinnisasja soetamisel arvati sisendkäibemaksust maha 50%, kokku 10 000 eurot. Kinnisasja kasutati kuni võõrandamiseni 50% ulatuses maksuvaba käibe tarbeks ja 50% ulatuses maksustatava käibe tarbeks. 7ndal aastal võõrandati kinnisasi maksuvabalt. Maksumaksjal tuleb korrigeerida sisendkäibemaksu 4 aasta osas ning riigile sisendkäibemaks summas 4000 eurot tagasi maksta.

Kui maksukohustuslane on kinnisasja ning selle tarbeks soetatud kauba või saadud teenuse sisendkäibemaksu kas osaliselt või täielikult maha arvanud ja kinnisasi võõrandatakse koos käibemaksuga, arvestatakse kinnisasja ning selle tarbeks soetatud kauba või saadud teenuse kasutamist järelejäänud perioodil, sealhulgas ka kinnisasja võõrandamise aastal, täielikult maksustatava käibe tarbeks kasutamisena.

Näide. Kinnisasja soetamisel arvati sisendkäibemaksust maha 100%, kokku 20 000 eurot. Kinnisasja kasutati kuni võõrandamiseni maksustatava käibe tarbeks ning 7ndal aastal otsustati see käibemaksuga võõrandada. Võõrandamise aastal ja korrigeerimisperioodist puudujäävatel aastatel, sh võõrandamise aastal, loetakse kinnisasi samuti maksustatava käibe tarbeks kasutatuks ning kinnisasja sisendkäibemaksu korrigeerimist teostada ei tule.

Näide. Kinnisasja soetamisel arvati sisendkäibemaksust (20 000 eurot) maha 50%, kokku 10 000 eurot. Kinnisasja kasutati 50% ulatuses maksuvaba käibe tarbeks ja 50% ulatuses maksustatava käibe tarbeks. 7ndal aastal võõrandati kinnisasi käibemaksuga. Võõrandamise aastal ja korrigeerimisperioodist puudujäävatel aastatel loetakse kinnisasi samuti maksustatava käibe tarbeks kasutatuks. Maksumaksja saab seega täiendavalt sisendkäibemaksu maha arvata 4000 eurot ((4/10×20 000) x 50%).

Kui sisendkäibemaks on täielikult maha arvatud ning kinnisasi võõrandatakse maksuvabalt enne ettevõtluse tarbeks kasutusele võtmist või esimese kalendriaasta jooksul, tuleb tagasi arvestada kogu kinnisasja ning selle tarbeks soetatud kauba või saadud teenuse sisendkäibemaks.

Näide. Kinnisasja soetamisel märtsis 2015 arvati sisendkäibemaksust maha 100%, kokku 20 000 eurot. Kinnisasja kasutati ettevõtluses kuni maksuvaba võõrandamiseni oktoobris 2015. Maksukohustuslane peab kogu sisendkäibemaksu, st summas 20 000 eurot, riigile tagasi maksma võõrandamise perioodi kohta esitatava käibedeklaratsiooni alusel. Maksuline käsitlus on samasugune olukorras, kus kinnisasja ei võetagi üldse ettevõtluses kasutusse.

Kui kinnisasi võõrandatakse KMS § 4 lõike 2 punkti 1 (käivet ei teki ettevõtte või selle osa üleandmisest võlaõigusseaduse tähenduses) alusel, ei korrigeerita kinnisasja ning selle tarbeks soetatud kauba või saadud teenuse osas sisendkäibemaksu selle kinnisasja võõrandamise kuul.

Näide. Kinnisasja soetamisel arvati sisendkäibemaksust (20 000 eurot) maha 50%, kokku 10 000 eurot. Kinnisasja kasutati 50% ulatuses maksuvaba käibe tarbeks ja 50% ulatuses maksustatava käibe tarbeks. Seejärel võõrandati ettevõte, mille koosseisu kuulus kinnisasi. Võõrandaja seisukohast tehingust käivet ei teki ning võimalikud korrigeerimised seoses sisendkäibemaksu ümberarvestusega jäävad ettevõtte omandanud isiku ülesandeks.

Käibemaksukohustus käibemaksukohustuslaste registrist kustutamisel 

KMS § 29 lg 10  kohaselt peab maksukohustuslane käibemaksukohustuslaste registrist kustutamisel tasuma käibemaksu võõrandamata kaubalt, mille sisendkäibemaks on soetamisel maha arvatud. Sama kehtib ka tulenevalt KMS § 32 lg 4 ja käesolevas artiklis viidatud rahandusministri määrusest võõrandamata kinnisasjade osas. 

Näide. Kinnisasja soetamisel märtsis 2015 arvati sisendkäibemaksust maha 100%, kokku 20 000 eurot. Kinnisasja kasutati kuni äriühingu käibemaksukohustuslaste registrist kustutamiseni 2016. aasta märtsis maksustatava käibe tarbeks. Tulenevalt asjaolust, et käibemaksukohustuslaste registrist kustutamine on samastatud võõrandamisega, tuleb maksukohustuslasel 9/10 ostmisel maha arvatud käibemaksust tuleb riigile tagasi maksta.