01.01.2004 jõustusid MKS-i muudatused, mis seonduvad peamiselt Maksuameti ja Tolliameti ühendamisega Maksu- ja Tolliametiks. Mitmetes õigusaktides, sealhulgas MKS-is on viidud redaktsioonilised parandused, mis seonduvad eelkõige ühinenud maksuhalduri nime muutumisega. Samas omavad mitmed neist ka praktilist kaalu, olulisematena saab välja tuua järgnevad muudatused:

• Täpsustatakse hooajalise ettevõtlusega tegelevate füüsilisest isikust ettevõtjate registreerimisega ja tegevusega seonduvat;
  
  
  
  
  
• avalikke andmeid käsitlevasse paragrahvi 27 on lisatud lõige 2, mille kohaselt maksuvõla määramise korral maksuhalduri poolt on maksuvõla avalikustamine lubatud pärast maksuotsuse või vastutusotsuse täitmise tähtpäeva saabumist. Maksuotsuse või vastutusotsuse vaidlustamise korral tehakse avaldatud maksuvõla juurde sellekohane märge. Kui on esitatud kaebus kohtusse, tehakse vastav märge maksukohustuslase taotlusel või juhul kui maksuhaldur on muul viisil kaebuse esitamisest teada saanud;
  
  
  
  
  
• täpsustatud on ligipääsu tingimusi maksusaladusele ning selleks õigustatud subjektide ringi, seda § 29 punktides 1, 14, 16, 18-22;
  
  
  
  
  
• § 75 lg 3 uue redaktsiooni kohaselt tuleb revisjoni alustamise korralduses ära märkida ka revisjoni tähtaeg – ajavahemik, mille jooksul revisjon läbi viiakse. Sama lõige näeb ette ka võimaluse korraldusega revisjoni tähtaja või ulatuse muutmiseks. Revisjoni tähtaja pikendamist või muu maksukohustuslast koormava muudatuse tegemist tuleb korralduses põhjendada;
  
  
  
  
  
• füüsilise isiku volitatud esindaja võib peale muudatuste jõustumist deklaratsioonile alla kirjutada ka juhul kui maksukohustuslane ise viibib välismaal (§ 87 lg 2). Vastupidiselt eelnevale regulatsioonile ei laiene allkirjastamisel esindaja kasutamise piirangud juriidilisele isikule, tema eest võib volitatud esindaja deklaratsioonile igal juhul alla kirjutada;
  
  
  
  
  
• revisjoni tulemisel tehtud või muudetud maksuotsust, mille muutmist või kehtetuks tunnistamist ei saa enam vaidemenetluses ega kohtumenetluses nõuda, võib uue asjaolu või tõendi ilmnemise tõttu muuta või kehtetuks tunnistada ka juhul kui see on tuvastatud seoses MKS §-des 152-154 sätestatud väärteoga (maksude väärarvutus, maksusumma kinni pidamata jätmine, maksuhalduri tegevuse takistamine), mis on toime pandud tahtlikult ja mille kohta on jõustunud lahend (§ 102 lg 3). Isegi juhul kui maksumaksja on toime pannud eelpoolnimetatud tunnustele vastava väärteo, peab maksuhaldur maksuotsuse muutmise või kehtetuks tunnistamise üle otsustamisel arvestama avalikku huvi, õiguskindluse põhimõtet ning teisi asjaolusid, mis on välja toodud § 102 lõikes 4;
  
  
  
  
  
• muudatustega nähakse ette ka Maksu- ja Tolliameti intressiarvestuse ühendamine, mis on nii otstarbekas kui ka kasulik maksuõigussuhte kõikidele osapooltele. Pärast intressiarvestuse ühtlustamist ei ole intresside arvestamisel vajalik mitmete andmebaaside töötlemine, vaid andmed on koondatud ühte ühendatud andmebaasi;
  
  
  
  
  
• pärast vaidemenetluse läbimist on halduskohtusse võimalik esitada kaebus ka esialgse haldusakti peale (mitte ainult vaideotsuse peale nagu näeb ette muudatusteeelne MKS). Muudatus on vajalik kõrvaldamaks segadus ja võimalikud vaidlused selle üle, millist haldusakti vaidemenetluse läbimise korral halduskohtus vaidlustatakse.