Käibemaksukohustus võib tekkida nii äriühingutel, mittetulundusühingutel kui ka kõigil teistel subjektidel, kes tegelevad ettevõtlusega käibemaksuseaduse tähenduses. KMS § 4 lg 1 p 1 kohaselt on käive kauba võõrandamine ja teenuste osutamine ettevõtluse käigus. Kui MTÜ võõrandab ettevõtluse käigus kaupu, tuleb tal juhul, kui kaubakäive on maksustatav käive, ennast piirmäära ületamisel registreerida käibemaksukohustuslasena.
http://rmp.geenius.ee/maksud/kaibemaks/kaibemaksuseadus/151/#g151

Kui on eelnevalt teada, et piirmäära ületatakse, tasub ennast enne piirmäära saabumist käibemaksukohustuslaseks registreerida.

KMS § 20 lg 3 kohaselt registreerib maksuhaldur isiku maksukohustusasena registreerimiskohustuse tekkimise kuupäeva seisuga.
http://rmp.geenius.ee/maksud/kaibemaks/kaibemaksuseadus/169/#g169

Registreerimiskohustuse tekkimise kuupäev on § 19 lg 1 kohaselt päev, mil nimetatud lõikes välja toodud maksustatav käive ületab kalendriaasta algusest arvates 250 000 krooni.
http://rmp.geenius.ee/maksud/kaibemaks/kaibemaksuseadus/168/#g168

Probleeme võib tekkida kui maksuhaldur tagastab avalduse. EML praktikas on olnud juhuseid, kus avaldus palutakse tagasi võtta kuna maksuhalduri hinnangul ei tegele MTÜ ettevõtlusega käibemaksuseaduse tähenduses. Kui MTÜ avalduse tagasi võtab ning hiljem revisjoni käigus tuvastatakse, et MTÜ oleks ikkagi pidanud käibemaksukohustuslaseks ennast registreerima, puudub MTÜ-l tõend selle kohta, et maksuhaldur ise keeldus teda registreerimast. Kuna maksuhaldur on kohustatud kolme päeva jooksul registreerimisavaldusele vastama, soovitan halduri vastus ära oodata. Maksuhaldur peab oma seisukohad kirjalikult motiveerima ehk siis, kui otsus on eitav ning maksuhaldur ei nõua teilt nt lisadokumentide esitamist, võib sellest ka oma tegevuses lähtuda. Põhjus, miks on vaja kirjalikku otsust, seisneb intressides.

Kui maksuhaldur nt 2007. aastal revisjoni käigus avastab, et MTÜ oleks pidanud ennast käibemaksukohustuslaseks registreerima 2006. a lõpus, teeb ta seda ise ja päevast, mil käive ületas piirmäära (KMS § 20 lg 10) ehk siis 2006. aasta lõpust. See aga tähendab, et sellest päevast alates tuleb tasuda riigile ka käibemaksu. Kuna MTÜ seda teinud ei ole, tuleb käibemaks tasuda tagantjärgi ja sellisel juhul juba koos intressidega. Kui nüüd olemas on maksuhalduri enda otsus MTÜ mitteregistreerimise kohta, saab nõuda intresside kustutamist (vt MKS § 119 lg 5 https://www.riigiteataja.ee/ert/act.jsp?id=974547 ). Otsuse puudumisel (kui võetakse avaldus tagasi) intressidest ei pääse.