Ei saa tööandja ühepoolselt TL kokkulepitut muuta, tehku neid käskkirju palju tahab.
§ 3. Palgatingimuste mõiste ja kindlaksmääramine
(1) Palgatingimustena käsitatakse käesolevas seaduses palgamäära, lisatasu ja juurdemakset summana, mille hulka on arvutatud seaduse alusel kinnipidamisele kuuluvad maksud. Palgatingimustena käsitatakse ka palga arvutamise viisi ning maksmise korda.
(2) Töötaja palgatingimused ja nende muudatused määratakse kindlaks töölepingus.
§ 4. Palgatingimuste muutmine
(1) Töölepingus kokkulepitud palgatingimusi on lubatud muuta ainult poolte kokkuleppel.
http://rmp.geenius.ee/too/palgaseadus/507/#g507

Käskkiri on ettevõtte sisene paber. Töölepingu muutusi kajastatakse töölepingu lisana ja mida allkirjastavad nii tööandja ja töötaja. Sellele võib eelneda käskkiri ja mis otseselt ei puuduta töötajat. Nagu sõnagi käskkiri ütleb, et keegi ettevõtte inimestest käskis midagi teha ja see pannakse must valgele ka kirja.

Aga kui TL on kirjas, et ala 1.1 boonuse maksmise korda määratakse käskkirjaga ala nr.2, siis on see ok?

Üks küsimus veel:
Kui ettevõte maksab töötajale autokompensatsiooni isikliku auto kasutamise eest töösöitudeks, kas seda võib siis määratleda käskkirjaga (rendilepingut tööandjaga ei ole)?

Loomulikult, sest kui oleks rendileping siis makstaks ju hoopis renti ning auto oleks juba tööandja oma (rendi perioodil), mitte enam töötaja oma

Ja omapoolseid lisatasusi võib tööandja määrata küll käskkirjaga.
Isikliku sõiduauto hüvitise maksmise tarvis ei tohigi rendilepingut sõlmida selleks on vaja:
https://www.riigiteataja.ee/ert/act.jsp?id=13116699
§ 3. Nõuded hüvitisele

(1) Maksustamisele ei kuulu hüvitis, mis ei ületa §-s 5 või §-s 6 sätestatud piirmäära ning mille kohta on vormistatud tööandja, asutuse juhi, juriidilise isiku pädeva organi või tema poolt volitatud isiku kirjalik otsus, käskkiri või korraldus, milles näidatakse:
1) hüvitist saava isiku ees- ja perekonnanimi;
2) sõiduauto riikliku registreerimismärgi andmed, kui ei peeta §-s 4 sätestatud arvestust;
3) sõidu eesmärk, kui ei peeta §-s 4 sätestatud arvestust;
4) hüvitise suurus;
5) sõidu kuupäev või periood, mille jooksul tehtud sõitude kulusid hüvitatakse.

(2) Otsusele, käskkirjale või korraldusele lisatakse:
1) sõiduauto kasutamise õigust tõendava dokumendi koopia;
2) paragrahvi 6 alusel hüvitise maksmise korral hüvitise saaja kinnitus, et muu isik temale või selle sõiduauto eest muule füüsilisele isikule § 6 alusel hüvitist ei maksa.

(3) Otsusele, käskkirjale või korraldusele ei ole lõikes 2 nimetatud koopiat või kinnitust vaja lisada, kui selles esitatavad andmed ei ole muutunud, võrreldes eelmisel korral esitatutega.

Selge nagu seebivesi :D. Tänud vastajatele