Kuni 30. detsembrini 2021 oli äriseadustiku § 390 lõikes 4 ette nähtud, et enne välismaa äriühingu filiaali registrist kustutamist tuleb filiaal likvideerida, läbides kõik likvideerimiseks vajalikud etapid, nagu võlausaldajate teavitamine, võlausaldajate nõuete rahuldamine, lõppbilansi koostamine jne.
Alates 31. detsembrist 2021 on äriseadustiku § 390 lõikel 4 aga uus sõnastus, mille kohaselt võib välismaa äriühing otsustada, kas kustutada filiaal äriregistrist likvideerimisega või ilma likvideerimiseta. Nüüdsest ei pea seega filiaali äriregistrist kustutamiseks filiaali eelnevalt likvideerima, vaid välismaa äriühing saab esitada kustutamisavalduse kohe.
Tegelikult ei olnudki äriseadustikus varem ette nähtud likvideerimise kohustus põhjendatud, sest filiaal ei ole iseseisev õigussubjekt ega juriidiline isik ning kui filiaali kaudu tehakse tehinguid, siis on välismaa äriühing nende tehingute üks pool. Seega, kui filiaal registrist kustutada, ei mõjuta see tema kaudu tehtud tehinguid.
Kui aga välismaa äriühing otsustab filiaali enne kustutamist siiski likvideerida, tuleb määrata likvideerijad ja kohaldada tsiviilseadustiku üldosa seaduses juriidilise isiku likvideerimise kohta sätestatut.
Seda, kas konkreetsel juhul valida likvideerimine või asuda filiaali äriregistrist kohe kustutama, tuleb välismaa äriühingul põhjalikult kaaluda. Nimelt tuleb arvestada, et likvideerimismenetlus on ettevõtjale kulukam ja ajamahukam: likvideerimisele kulub vähemalt kaheksa-üheksa kuud. Samas reguleerivad likvideerimist konkreetsed õigusnormid, mille tõttu võib filiaali kustutamine eelneva likvideerimisega olla selle läbiviijale selgem. Teisalt ei ole likvideerimiseta kustutamise korral keelatud rakendada likvideerimisele kehtestatud põhimõtteid. Näiteks tekib likvideerimiseta kustutamise korral küsimus, kuidas on reguleeritud filiaali dokumentide säilitamine ja hoidmine? Siin võiks lähtuda likvideerimisele kehtestatud sätetest.
Kuna filiaal ei ole eraldi juriidiline isik, vaid selleks on välismaa äriühing, ei reguleeri seadus filiaali ja välismaa äriühingu sisesuhteid. Filiaalil on eelduslikult majandustegevus Eestis, mistõttu on kehtestatud ka nõuded filiaali raamatupidamisele ja finantsaruandlusele. Seega, kui välismaa äriühing eelistab kustutamist eelneva likvideerimiseta, tuleks filiaali raamatupidamine koos kehtivate lepingute ja muude dokumentidega üle vaadata, et kustutamisavalduse esitamise ajaks ei jääks filiaaliga seotud nõuded ja kohustused õhku rippuma.