Käibemaksu tagastusnõudeid menetlevad ja tagastusnõuete õigsust kontrollivad Maksu- ja Tolliametis kaks erinevat struktuuriüksust – regionaalsed teenindusüksused ja tagastuste kontrolli üksused.
Alates 2004. aastast rakendatakse käibemaksu tagastusnõuete automaatse käsitluse süsteemi, mis põhineb tagastusnõuete jagamisel koridoridesse vastavalt riskiastmele. Madala riskiastmega nõuetele genereeritakse automaatne tagastusotsus ja nõue rahuldatakse hiljemalt 5 tööpäeva jooksul. Keskmise ja kõrge riskiastmega nõudeid analüüsitakse täiendavalt ja valitakse välja kontrolliobjektid. Ülejäänud nõuetele vormistatakse tagastusotsused, millele vajadusel eelnevad mõningad menetlustoiminguid (toimingud vigaste deklaratsioonidega, puuduvate deklaratsioonidega jms).
Enammakstud käibemaks tagastatakse maksukohustuslasele maksukorralduse seaduses (edaspidi MKS-is) sätestatud korras vastavalt käibemaksuseaduse (edaspidi KMS-i) § 34 lg 1. Summa, mille tagasisaamiseks on isikul õigus, tagastatakse 30 päeva jooksul taotluse saamise päevast arvates, kui maksuseaduses ei ole sätestatud teist tähtaega. Seega on üldine tähtaeg 30 päeva, mille jooksul tuleb enammakstud maksusumma tagastada.
Käibemaksu puhul on olemas erand, mis tuleneb KMS-i § 34 lõikest 2, mille kohaselt maksuhalduri juhi otsuse alusel on maksuhalduril õigus seoses maksukohustuslase kontrollimisega pikendada käibemaksu tagastamise tähtaega kuni 90 kalendripäeva võrra. Seda juhul kui on piisav alus kahtlusteks, et tagastusnõude rahuldamisel makstud summa tagasinõudmine võib osutuda võimatuks. Tagastusnõude täitmise tähtaega võib pikendada korraga kuni 30 kalendripäeva. Kirjaliku motiveeritud otsuse tagastusnõude täitmise tähtaja pikendamise kohta teeb maksuhaldur hiljemalt viis kalendripäeva enne tagastusnõude täitmise tähtaja lõppemist.
MKS-i § 107 lg 1 kohaselt on riiklike maksude maksuhalduril õigus peatada tagastusnõude täitmine juhul, kui maksukohustuslase tegevuses on tuvastatud MKS-i või maksuseaduste rikkumise tunnuseid ning seoses rikkumisega on alustatud kriminaal- või väärteomenetlus.
MKS-i § 107 lg 3 kohaselt võib maksuhaldur kirjaliku motiveeritud otsusega, kui tagastusnõue ei ole piisavalt tõendatud, pikendada tagastusnõude täitmise tähtaega, määrates tagastusnõude esitajale tähtaja täiendavate tõendite esitamiseks. Kui tõendeid ei esitata tähtaegselt, teeb maksuhaldur otsuse enammakse tagastamata jätmise kohta. Otsuse tegemisel juhindutakse maksuotsuse (MKS-i § 95) kohta sätestatust.
Käibemaksu tagastusnõuete kontrolli alustatakse kirjaliku korraldusega tagastusnõude esitanud isikule ja palutakse esitada tagastusnõude aluseks oleva käibemaksu enammakse arvutamist puudutav dokumentatsioon. Kontroll lõppeb tagastusnõude esitanud isikule teatega kontrolli lõpetamise kohta või otsusega maksude määramise kohta ja/või otsusega tagastusnõude rahuldamata jätmise/osalise rahuldamise kohta.
Eriarvamused maksude arvestamise osas püütakse lahendada kontrollimenetluse käigus ja juhul, kui ühist lahendit ei leita koostatakse maksuhalduri poolt motiveeritud kontrollakt, millele järgneb eriarvamuste esitamine maksumaksja poolt. Maksuhalduri lõpliku otsuse kohta edastatakse maksumaksjale teade või otsus.
Maksukohustuslase õigused ja kohustused maksumenetluses tulenevad kehtivast maksukorralduse seadusest.
Maksukohustuslase õigustest ja kohustustest maksumenetluses saab täpsemalt lugeda SIIT.
