Käibemaksuseaduse muudatused toovad endaga kaasa siseriikliku pöördmaksustamise võimaluse, kassapõhise käibemaksuarvestuse ulatuse laiendamise ja palju muid täpsustusi ning täiendusi. Samuti jõustub juba varasemalt vastu võetud regulatsioon, mille kohaselt tuleb ühendusesisese käibe aruanne esitada alates 01.01.2011 kord kuus.

• Kassapõhise käibemaksuarvestuse pidamise võimalus on edaspidi kõikidel ettevõtlusega tegelevatel isikutel, kelle eelmise ja jooksva kalendriaasta käive ei ületa 200 000 eurot. Kuni 2010. aasta lõpuni kehtinud KMS kohaselt saab kassapõhist käibemaksuarvestust pidada ainult FIE. Alates 2011. aasta algusest selle võimaluse kasutamise ulatust laiendatakse. Kassapõhise arvestuse erikorda ei saa ka edaspidi rakendada piiriüleste tehingute puhul ja pikaajaliste (pikem kui 3 kuud) tehingute puhul (rent, liising). Üleminekul üldkorralt erikorrale lähtutakse käibe tekkimise aja ja sisendkäibemaksu mahaarvamise aja määratlemisel nendest reeglitest, mis kehtisid vastavalt kas kauba võõrandamise või teenuse osutamise hetkel. Käibemaksuarvestust pidaval isikul tuleb edaspidi lisada INF lisaleht. Sellel tuleb näidata andmed esitatud ja saadud arvete lõikes, millel kajastatud tehingutelt arvestatud käibemaksu deklareerimise kohustus või sisendkäibemaksu maha arvamise õigus erikorra järgselt toimub hilisemal maksustamisperioodil, kui üldkorra rakendamisel. Näiteks tuleb esitada andmed käibemaksudeklaratsiooni lisas INF vormil maksustamisperioodil osutatud teenuse eest esitatud, kuid tasumata arve kohta. Kui nimetatud arve tasutakse teenuse osutamisega samal maksustamisperioodil, siis kajastatakse teenuselt arvestatud käibemaks selle maksustamisperioodi käibedeklaratsioonil. INF vormile sellise arve andmeid aga ei kanta.
   
• Riigisisest pöördmaksustamist saab rakendada kinnisasjade ja metallijäätmete müügil maksukohustuslaste vahel. Pöördmaksustamine hõlmab üksnes valiku korras maksustatavaid kinnisasju vastavalt KMS § 16 lg 3 p 2. Metallijäätmetele saab pöördmaksustamist rakendada ainult siis, kui jäätmed on keskkonnaministri 15. aprilli 2004. a. määruses nr 17 toodud.
   
• Ühendusesisese käibe aruanne tuleb esitada iga kuu. Ühendusesisese käibe aruandele tuleb edaspidi märkida ainult sellised tehingud, mille käive ei teki Eestis ja mida peab saaja teises liikmesriigis pöördmaksustama põhireegli alusel (KMS § 10 lg 4 p 9). Seega edaspidi on ühendusesisesest aruandest välistatud kinnisasjaga seotud, ürituse korraldamisega seotud ja muud KMS § 10 lg 4 p 1-8 toodud tehingud ja toimingud.
   
• Arve tühistamine ja kreeditarve tegemine kajastatakse ühendusesisesel aruandel jooksvalt. Kui maksukohustuslane tühistab kauba või teenuse kohta esitatud arve või esitab kreeditarve, kajastatakse sellest tulenevad muudatused arve tühistamise või kreeditarve esitamise maksustamisperioodi kohta esitataval ühendusesisese käibe aruandel. Varem tuli selleks alati esitada ühendusesisese käibe aruande parandusaruanne vormil VDP, milleks edaspidi enam vajadust pole.
   
• Aktsiisikaup käibemaksuseaduse tähenduses on nüüd ka tahkekütus (pruunsüsi, kivisüsi, koks). Kehtivas KMS § 3 lg 6 p 4 alusel peab maksukohustuslasena või piiratud maksukohustuslasena registreerimata isik, kes soetab vedelkütust, alkoholi või tubakatooteid teisest liikmesriigist, maksma käibemaksu Eestis. Seni oli siit nimekirjast välja jäetud tahkekütus.
   
• Käibemaksukohustuslaseks registreerimise piirmäära 250 000 krooni hulka arvatakse edaspidi ka 0%-ga teenuse käive, kui teenust osutatakse Eestis oleva asukoha kaudu teise liikmesriigi maksukohustuslasele. Alates 2011. aasta algusest tekib registreerimiskohustus ka siis, kui isik osutab 0%-ga maksustatavaid teenuseid ja teenust osutatakse Eestis oleva asukoha või püsiva tegevuskoha kaudu teise liikmesriigi maksukohustuslasele või piiratud maksukohustuslasele, kellel tekib selle teenuse saamisel oma asukohariigis maksustamise kohustus.
   
• Aktsiisilaost kauba ilma võõrandamiseta välja toimetamisel on kauba maksustatavaks väärtuseks kauba soetusmaksumus või omahind. Seni kehtinud KMS järgi maksuladustamise lõppemisel ilma kauba võõrandamiseta, on maksustatavaks väärtuseks kauba soetusmaksumus või omahind. Nüüd lisatakse sinna ka aktsiisilaost ilma võõrandamiste kauba välja viimine (va kauba aktsiisilattu paigutaja poolt). Näiteks kui aktsiisilaos olev aktsiisikaup müüakse aktsiisilaos teisele isikule edasi, siis on see maksustatav 0%-se käibemaksumääraga. Kui nüüd see uus omanik toob kauba aktsiisilaost välja ilma võõrandamiseta, siis tuleb tal tasuda 20% käibemaksu.
   
• Imporditava kauba maksustatavat väärtust saab tollilaos vähendada. Kuni 2010. aasta lõpuni kehtinud KMS sõnastuse kohaselt ei või imporditava kauba maksustatav väärtus olla väiksem, kui see oleks olnud kauba tolliterritooriumile toimetamisele vahetult järgnenud importimisel. Muudatusega tekib tollil võimalus põhjendatud juhtudel aktsepteerida ka vähenenud maksustatavat väärtust. Näiteks, kui tollilaos oleva kauba omanik läheb pankrotti ja vara müüakse enampakkumisel alla impordi maksustatavat väärtust. Või siis, kui müüakse tollilaos olevat kaupa, mis võib kiiresti rikneda ja müük toimub allahindlusega.